Прилага се при болести на дихателната, храносмилателната и нервната система, за облекчаване при травми и за заздравяване на рани. Мащерката е известна още като бабина душица, майчина душица, дива чубрица, овчарски босилек. С лечебна цел се използват стръковете на растението, които се берат по време на цъфтежа - от май до септември, и се сушат на сянка.
Най-важният компонент на мащерката е етеричното масло. То има силно изразено противовъзпалително, антибактериално, противоспазматично и отхрачващо действие. Ето защо чаят от мащерка се препоръчва при възпаления на устната кухина, гърлото, кашлица, грип, гастрит, язва, газове в червата, колики, главоболие и за успокояване на нервната система.
За целта се приготвя запарка от растението: 2 с. л. наситнени стръкове се заливат с 500 мл кипяща вода и се оставят да престоят в нея в продължение на 15-20 минути. След прецеждане запарката се разделя на 4 равни дози, които се изпиват преди закуска, обяд и вечеря и преди лягане за нощен сън. Тази запарка се използва и за гаргара. При хрема може просто да се подиша прах от стритото растение. Билката се използва и като средство за общо укрепване и успокояване на нервната система.
50 г от нея се кипват в съд с вода, оставят се да престоят 2-3 часа и се прецеждат. Така приготвеният воден извлек се излива във вана с топла вода. Ваната трябва да се прави преди сън, през ден. Курсът е от 8-10 вани. Ароматни вани и сухи и влажни компреси от настойка от мащерка обезболяват и лекуват травми, а раните се посипват с прах от стритото растение. Към възпаления участък от кожата се прикрепват свежи намачкани листа.