Напоследък отново се дискутират проблемите за генното замърсяване на околната среда в резултат на разпространение на генномодифицирани организми и храни. Живите организми са сложно устроени и е трудно да се предвидят последиците при вкарване на чужд материал. Освен това генната технология не е прецизна, а това създава риск за смущения във функцията на гените.
Генномодифицираните семена могат да предизвикат появата на специфични вредители, което да доведе до поголовно унищожаване на добивите, а също и до селектиране на т.нар. суперплевели, устойчиви на третиране с пестициди. Тези семена лесно се пренасят до съседни или по-далечни места. Доказано е, че гените за модифициране на растителни култури могат да прескочат в други видове - напр. използваните за модифициране на маслодайна рапица се прехвърлят в бактерии, живеещи в медоносните пчели. Това прескачане на видовата бариера е сериозен рисков момент за излизане на експериментите извън контрол.
По отношение здравето на човека липсват дългосрочни тестове за безопасност на генномодифицираните храни.
Консумацията им може да причини мутации, както и тежки алергични реакции, които са причина за десетки смъртни случаи по света. Възможно е да възникнат и бактерии, устойчиви на антибиотици. Повишената устойчивост на плевелите пък налага увеличаване количеството на употребяваните хербициди, които имат вредно въздействие върху човешкия организъм. Някои генетичномодифицирани продукти (напр. домати) са с патологично променен вкус и значително снижена хранителна и биологична стойност.
Основните растения, които се модифицират генно, са: соята, царевицата и рапицата, а водещи страни производители са САЩ, Аржентина и Канада. В Европейския съюз законите в това отношение все още са рестриктивни, но с тенденция за тяхното либерализиране.
Несъмнено медицината и екологията не могат да пренебрегнат постиженията на генетиката. Проблемът е, че модифицирането променя генофонда на човечеството, а генномодифицираните организми, вече внедрени в околната среда, не могат да бъдат изведени обратно, т.е. генното замърсяване е необратимо. Затова подобни опити трябва да се провеждат единствено в лабораторни условия при стриктен контрол. Не бива да се допуска смесване на генномодифицирани с нормални хранителни продукти. В противен случай хората губят правото на избор на консумираната от тях храна и контрол над собственото си здраве.