Лечебните растения синтезират особен вид субстанции, характерни само за тях, наречени фитонциди. Те са аналогични с етеричните масла, с тази разлика, че са по-летливи. Фитонцидите притежават способността да спират развитието и размножаването на микроорганизмите, подобно на синтетичните антибиотици.

Те са били познати още в древността - в Египет ги използвали за мумифициране. Съвременните схващания на биолозите са, че фитонцидите са възникнали в хода на еволюцията като неизбежно средство за защита на самите растения от врагове и причинители на болести. Химическият им състав все още не е напълно изяснен, но е разгадана тяхната същност. Допуска се, че фитонцидите представляват комплекс от биологично активни вещества и летливи субстанции, специфични за всеки растителен вид, чиято антибактериална активност се обуславя от различни фактори.

Отделните части на растенията съдържат различно количество фитонциди. Антибактериалната активност на фитонцидите е толкова по-силна, колкото по-пряк е контактът на растението с бактериите.От значение са и възрастта на растението,сезонът, през който се извършват най-интензивните процеси на неговото развитие, както и неговият метаболизъм. Цъфтежът е период на най-интензивно отделяне на фитонциди.

Има обаче растения, които ги отделят постоянно - например боровите растителни видове, брезата, хрянът, ментата, лавандулата, хвойната,чесънът и други. В зависимост от растителния вид, в който се образуват, фитонцидите оказват своеобразно антисептично, противовъзпалително и нервно-успокоително действие. Повечето имат и имуностимулиращ ефект.

Някои действат положително върху кожата и се оказват незаменими съставки на козметичните средства. Най-голямата част от тях обаче влияят благоприятно върху дихателната и храносмилателната система. Неотдавна беше установено, че в канеленото масло се съдържат фитонциди, които унищожават токсините, продуцирани от плесен по хляба, салама и други месни продукти, която е канцерогенна.

Чесънът е типичен пример за растение, богато на фитонциди, които се отделят постоянно, но най-много по време на узряване на луковиците.Именно тогава е най-подходящо те да се използват като лечебно средство (степента на отделяне на фитонциди от чесъна намалява прогресивно в зависимост  от неговото сушене). Чесънът е едно от най-популярните природни средства, използвани за лечение на атеросклерозата и хипертонията.

Луковиците му съдържат етерично масло и алиинин, който под въздействието на ензима алиназа се превръща в алицин със силна противомикробна активност (на него се дължии специфичната чеснова миризма). Експериментално и клинично е доказано, че екстракти от чесъна снижават нивото на холестерола и триглицеридите. Системната консумация на чесън води до понижение на артериалното кръвно налягане. В него се съдържат фитонциди, които притежават силна противомикробна активност спрямо стрептококи, стафилококи, тифния бактерия, дизентерия, грип и др. Той действа и като противоотрова при оловно отравяне. Последни данни сочат, че чесънът влияе и върху щитовидната жлеза.

Хрянът също може да се посочи като класически пример за съдържание на високо активни фитонциди. Летливите вещества, отделящи се от лечебното растение, са с още по-широк спектър на действие в сравнение с чесъна спрямо много бактерии. Показателни в това отношение са изследванията на известния бактериолог проф. д-р Петър Кожухаров, който е установил изключително мощните противомикробни свойства на хряна. Ученият поръсвал с "брашно" от корените на хрян месо, сирене, кашкавал и други продукти в хладилник. След един месец те се оказали в свежо състояние и със запазени органолептични качества, сякаш са поставени преди един час. Проф. Кожухаров изолира и създаде от хряна антибиотика "Арморацин" с широк спектър на действие. Но за съжаление той не бе внедрен в практиката, въпреки безусловната перспектива.

Розмаринът съдържа фитонциди, които стимулират защитните сили на организма, действат общоукрепващо, особено след тежко боледуване. Лечебното растение подобрява апетита, като стимулира стомашната и жлъчната секреция. Розмаринът благоприятства заздравяването на рани, има противохерпесно действие (спрямо херпес симплекс) и притежава широк диапазон на противомикробна активност спрямо стрептококи, стафилококи, салмонела и др. Розмаринът, както и евкалиптът и лавандулата се използват за освежаване и дезинфекция на стайния въздух.

Жълтият кантарион доскоро се използваше преди всичко като стимулатор на регенеративните процеси в лигавиците на храносмилателния тракт, потискайки възпалителния процес и болката. Неговите фитонциди притежават широк антибактериален спектър. Много подходящ е за лечението на язвената болест на дванадесетопръстника, причинена от Хеликобактер пилори. Подходящата лекарствена форма за този случай е т. нар. "звъниково масло". Приготвя се по следния начин: 40 г цветове от жълт кантарион се накисват в 180 мл чист зехтин в тъмен стъклен съд. Оставя се на открито място за 20 дни, като периодично се разклаща. Прецежда се и се налива в друг тъмен стъклен съд. Употребява се по 1 с. л. 3 пъти на ден 1/2 час преди хранене. Жълтият кантарион е и незаменим антидепресант.

Живовлекът е също богат на фитонциди. Листата му съдържат слузести вещества, глюкозида аукубин, алкалоиди, сапонини, аскорбинова киселина, флавоноиди и фитонциди. В лечебната практика се използва като отхрачващо средство при заболявания на дихателната система, при язва на стомаха (не на дванадесетопръстника), при атрофичен гастрит, мъчно заздравяващи рани (варикозни язви).

Бял бор. Боровите връхчета, особено по време на цъфтеж, са богати на фитонциди със силни антимикробни свойства. Много полезни са сиропите с екстракти от борови връхчета и мед при белодробни заболявания, особено при белодробна туберкулоза. Освен фитонциди борът съдържа етерично масло, смола, пинени, минерални соли, витамини и други биологично активни вещества. Многовековният опит е показал, че въздухът сред боровата гора е наситен с фитонциди с невероятно лечебно действие. Не случайно санаториумите за белодробни заболявания се намират сред борови гори.

Риганът съдържа етерично масло, флавоноиди, сесквитерпени, витамин С, ситостероли, тимол, карвакрол и фитонциди, благодарение на които оказва антисептично действие спрямо редица инфекциозни агенти, засягащи дихателната и храносмилателната система.

Салвията е богата на етерично масло, смолести вещества, органични киселини, восък и фитонциди. Оказва антисептично действие спрямо много патогенни бактерии. Едновременно притежава и противовъзпалително, секретолитично и жлъчкогонно действие. Намира широко приложение при стомашно-чревните и белодробните заболявания. При нарастващата резистентност на различните бактериални щамове спрямо антибиотиците, включително и най-широко спектърните, превантивното и лечебно приложение на фитонцидите тепърва предстои да се оценява. Като имаме предвид появилите се напоследък сензационни съобщения за супербактерия-мутант (особен вид стрептокок), напълно резистентен спрямо всякакви антибиотици и причиняващ смъртоносни септични ангини, време е изследователите да се заемат с откриването на нови антибиотици и особено на базата на фитонцидите, тъй като спрямо тях все още не съществува резистентност от страна на микроорганизмите.